Der Unterricht an der Kantonsschule Enge findet in Einzellektionen à 45 Minuten und Doppellektionen à 90 Minuten statt. Fachlehrerinnen und Fachlehrer unterrichten ca. 48 Schulklassen des Gymnasiums und der Handelsmittelschule in rund 20 Fächern. Neben dem traditionellen Frontalunterricht werden verschiedene Unterrichtsmethoden und -verfahren eingesetzt. Vielfältige Freifächer in alten, neuen und Sprachen, in Musik, Sport sowie Informatik ergänzen den Stammfachunterricht.
Integrativer und fächerübergreifender Unterricht findet vor allem in Arbeits-, Projekt- und Studienwochen statt, sowie im Gymnasium in einem einsemestrigen Projektkurs in der dritten Klasse. In diesen Zeitgefässen wird sehr viel Wert auf das selbstorganisierte Lernen gelegt. Eine Individualisierung findet vor allem im vierten Schuljahr mit der Maturarbeit und der Belegung von zwei bis drei Wahlfächern statt.
